吴刚为了打击犯罪团伙，避免大爆炸，表面上佯装答应罪犯的条件，暗地里组织人员想尽办法阻止大爆炸的发生。但是，祸不单行，一艘外籍货轮“巨鲨号”满装着危险物品因为违章行驶，船上的船员由于不小心引发了一场火灾，烧坏了货舱里的温控系统，使之货舱里的温度急剧升高，随时都有发生大爆炸的危险。这时，吴刚的妻子赵玫在接受隔离审查的时候，突然跳楼自杀了。此时钟平的儿子钟磊无意中听了大爆炸的消息，并将其通过网络发送出去，顿时，整个城市，人心慌慌。万般无奈之下，整个城市拉响了大撤离的警报声。一场史无前历的全市大撤离开始了……　　研制出来的WK被送到了巨鲨号，经过试验，非常成功。吴刚下令尽速配制巨鲨号所需要的十吨WK。正当吴刚心里稍稍松下一口气，钟平却又带来一个不好的消息，因为化学反应，HD-3的爆炸时间提前……为了最大限度的减低HD-3爆炸所产生的危害，吴刚决定听取詹姆斯博士的建议，封闭货舱，喷洒专用的化学试剂，并且将巨鲨号驶离港口最少三海里。劳尔船长下达开船命令后，大副安德鲁因为恐惧，跳海逃走。这时，林海生出现在劳尔船长的身边林海生告诉劳尔，他是来赎罪的，他要为自己的过失付出代价。在离港口三海里的地方，巨鲨号在众人的注视之下爆炸望着依然如故的城市，直升机上的吴刚和钟平，心中生出一种无法说出的感觉……