第11集　　Percy命Alex外出作一次任务，作为她的毕业测试。令她去刺杀卡迪尔佐曼，Nikita想要帮助她完成这项任务。但是Birkhoff发现了组织系统漏洞--可以与外界聊天的工具，知道Nikita有内部人员做内应，于是Percy决定在执行这次任务时一石二鸟将Nikita也抓住。由于Alex不敢开枪杀人，Nikita前去营救她。两人一起逃到一个屋里，Nikita让Alex将自己抓起来，以便完成这次任务。Nikita被抓，Alex在准备去救她而布置炸弹时被Thom发现，两人扭打起来，Alex情急之下射中Thom腹部，Nikita赶来告诉Alex两人要一起走，Alex含泪做出自己要留在组织做内应的要求，并把从Percy那偷来的出入卡放在Thom那造成他是内应的假象。Nikita从组织外部的流动逃走，Alex晋升为外部探员。 第12集　　Alex毕业后被植入新追踪器，Nikita发现新追踪器是装在大脑皮层之下并可以随时引爆。为解除追踪器，Nikita设计抓捕了Birkhoff，并逼他说出笔记本电脑密码，以便改变追踪器信号显示。柏西带走了Birkhoff，帮助Nikita的CIA分析师Ryan因此而被降职。 第13集　　埃及王妃雇佣组织刺杀埃及王子，Nikita前往解救。期间Alex与Nikita联系的录像被Michael看到，他对Alex产生了怀疑。 第14集　　在这集中，客串演员NoahBean扮演的角色原CIA情报分析师Ryan将会招募尼基塔来完成一项的任务。尼基塔将会有机会与曾经在组织里就已熟知的人打交道。而Alex与Nathan的关系将会更进一步。 第15集　　Alex外出执行任务时遇到以前认识的女人Irina。Alex试图帮助Irina摆脱控制她的人，但她的老朋友为了还债出卖了她，将她交给俄罗斯黑帮头目Vlad。Nikita联络不到Alex，知道她遇到了麻烦。在寻找Alex的过程中，Nikita与同样在寻找Alex的Michael不期而遇。Nikita不能把Alex的真实身份暴露给Michael，但是又想利用Michael救出Alex，这给她出了一道难题。 第16集　　Amanda以加速Alex康复为由给她注射大量药剂，并乘她意识模糊之机审问她--Amanda坚信Alex隐瞒了许多秘密。Nikita意识到Alex有危险，想用特殊的方式来帮助她。但Nikita的联络人出卖了她，令她不得不面对一个她不想见的敌人。与此同时，Michael对Alex的疑心越来越重，密令Birkhoff暗中调查她。 第17集　　Michael终于发现了Alex是潜入组织的卧底这个真相。并且以此要挟Nikita帮他找到杀害自己家人的凶手。对家人的责任感和爱，这也算是Michael的魅力所在了。之前和Alex死掐的Jardon也顺利毕业，看来Alex以后的路真的不好走啊。 第18集　　Owen再次找到Nikita，称他已经掌握了其中一个黑盒子的下落。Nikita决定和Owen一起前往伦敦，但却发现Owen的行为有些异常。Owen称他要将黑盒子里的内容公诸于众，但Nikita坚决反对，矛盾随即爆发。与此同时，Percy发现了Nikita的行踪，命令Michael赶到伦敦杀掉Nikita。Amanda偷听到Jaden和Alex的争吵，得知Alex隐藏了一条秘密的逃跑通道。Amanda再次将Alex抓到审讯室，试图用测谎仪探测Alex隐藏的所有秘密。 第19集　　Nikita认为Alex继续待在组织里会有危险，决定安排她离开。还未等两人将计划付诸实施，Alex接到命令与Jaden去海外执行一项任务：阻止某国总统的儿子贩卖新研发的神经毒气。和以往一样，Alex再次陷入生死危机，她必须做出一个重要决定--挽救任务还是挽救她自己?最终她放弃了逃离计划，救出了jaden。 第20集　　Nikita继续拦截存有组织机密信息的黑盒子，令Percy又恼又气。Percy命令Michael去宾夕法尼亚州某小镇核查其中一个黑盒子的安全性及负责保护黑盒子的守护者是否对组织忠诚。Nikita抢先来到该小镇，却惊讶地发现守护者只是一个叫Dana(ChristinaMoses)的普通女人--她放弃了自己的职责，只想和丈夫孩子在一起过普通的生活。Michael受形势所迫不得不将Dana的情况汇报给Percy，Percy立刻调派大批杀手赶来清理Dana留下的一切痕迹。