流传千年的妈祖文化风俗习惯在本剧中得到了大量的展示。福建湄洲岛是其发源地，妈祖文化的内核有热爱祖国、热爱和平、除暴安良、见义勇为、助人为乐、无私无畏、甘于奉献等，在华人中得到了广为流传，单是台湾地区大小妈祖庙800多座。 《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾光复后的一九四六年，在海南某码头，当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清终于登上了台湾“安祥号”轮船返乡。天有不测风云，“安祥号”在返乡途中失去动力，老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船。祸不单行，屋漏又逢连阴雨，阿清就要生产了。阿清终于生下了林海安、林海祥一对可爱的双胞胎。分离在即，林志雄夫妇把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上。带着难舍的情缘，离开了湄洲返回台湾。从此数十年，隔海想望，两地相思。五十多年后，随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影，寻亲的林永吉（林海安之子）失足落水被湄洲姑娘杨秀湄所救。在时间飞驰的日子里，永吉秀湄他们默默地相爱了。老天造化弄人，永吉的母亲无意中发现秀湄是永吉的堂妹，为怕日后悲剧发生，于是断然阻止孩子们之间的继续交往。痛苦欲绝的秀湄，心冷彻骨的永吉。“山穷水复疑无路，柳暗花明又一村。”秀湄的父亲讲述了一个藏在内心深处离奇而又让人心动的往事。
